Истод японский - многолетнее травянистое растение семейства истодные высотой 7-30 см. Корень деревянистый, увенчанный многочисленными стеблями, высотой 7-30 см и толщиной 1 мм.
Листья эллиптические, яйцевидные, 0,8-2,5 см длиной, и 0,45-1,5 см шириной, туповато-заостренные, почти сидячие.
Соцветие - боковая кисть, значительно более короткая, чем облиственное продолжение стебля; цветки в количестве 5-10, расставленные; прицветники очень мелкие, около 1 мм длиной, наружные чашелистики линейно-ланцетные, зеленые, белоокаймленные, внутренние (крылья) лепестковидные, обратнояйцевидные, фиолетово-розовые или розовые, тупые, до 8 мм длиной и 5 мм шириной; лодочка с бородками, коробочка почти округлая.
Цветет в мае-июле.
С лечебной целью используются корни.
В корнях обнаружены сапонины, флавоноиды, из корней вьщелен тетрацетилполигалит.
Используется как рвотное и отхаркивающее, заменитель американской сенеги.